建设合同纠纷可以通过调解或者调解处理；当事人不愿调解、调解、调解的，可以根据建设合同纠纷的具体情况向仲裁机构申请仲裁或者向人民法院起诉；当事人应当履行具有法律效力的判决、仲裁裁决、调解书，可以请求人民法院执行。
法律依据
《仲裁法》第二条
公民平等，法人与其他组织之间的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人向人民法院起诉民事纠纷，适合调解的，应当先调解，但当事人拒绝调解的除外。
那如何避免建筑工程合同纠纷呢，小编总结了以下几点：
1.严格招标承包程序，优选施工企业，严格控制工程分包转包。
2.建设初期加强项目管理，充分投资，确保80%以上的集中使用资金存入银行，专款专用。
3.加强合同和信息管理，尽量选择标准化的合同示范文本，仔细考虑附加条款，咨询相关专家，请专家指导。
4.严格控制工程变更，禁止通过工程变更扩大施工规模，增加工程内容，提高施工标准。必须变更的，应首先进行工程量和成本调整分析。
5.加强隐蔽工程检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。
6.及时处理工程索赔。
7.结算时，力争不漏算，定额好，不乱收费，委托有资质的造价咨询机构进行清算.委托高级造价工程师主持结算工作。
8.进一步规范业主.承包商.政府行政部门的行为，不盲目指挥。
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