（一）医疗损害责任中多种原因导致损害后果的抗辩认定难
医疗损害责任纠纷中患者损害后果的形成原因复杂多样，医疗机构或其医务人员的医疗行为与患者的原发疾病、个人体质及自身过错等原因，共同导致损害后果发生的情形较为普遍。医疗机构或其医务人员对其诊疗行为之外原因引起的损害部分，通常会提出不承担赔偿责任的抗辩事由，而此类抗辩事由是否成立需根据专业意见综合具体案情予以认定。
（二）医疗损害责任中过错及因果关系的构成认定难
医疗损害责任纠纷中，医疗机构或其医务人员是否有过错、该过错与患者损害后果之间是否存在因果关系的认定是该类案件的审理难点。一方面，对于未尽到与当时医疗水平相应的诊疗义务、违反告知义务等过错的认定，缺乏统一的判断标准；另一方面，对于过错与因果关系的构成认定通常需要借助医疗损害鉴定予以明晰。在无法进行医疗损害鉴定时，如何合理分配举证责任，也是判断是否构成医疗损害责任的难点。
（三）医疗损害鉴定意见实质审查难
医疗损害鉴定意见是对鉴定过程及其所依据专门知识的高度概括总结，相较于其他传统证据专业知识门槛较高。同时，法官因为相对缺乏医学专门知识，对鉴定意见的依赖性较强。
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