在合同建房(开发)合同纠纷中，法院通常会处理以下情况：
1.房地产项目利益未经批准，未取得建设项目规划许可证或者擅自变更建设项目规划的，当事人要求分配的，人民政府主管部门应当予以批准；已受理的，裁定驳回诉讼。
2.宅基地合作建房合同确认无效后，房屋归宅基地所有"两证一书"同时，由宅基地所有；"两证一书"投资人将投资款及利息返还给出资人。
3.超过规划建筑面积的房地产，经补充批准程序后，合作双方未协商该部分房地产的分配，一方要求按照合作合同约定的利润分配比例进行分配的，应当予以支持；协商不成的，按照约定的投资比例或利润分配比例承担房地产增加的投资比例。
4、当事人违反规划开发建设的房屋，被有关行政主管部门认定为违法建筑并责令拆除的，合同当事人不得遵守双方的过错.承担损失的比例由投资比例或利润分配比例决定。
5、合作住房建设合同规定，利润分配比例仅根据投资金额确定。一方未按合同约定的比例出资，要求按合同约定的比例分配利润的，不予支持，并按实际投资比例分配利润。
根据民法典.《合同法》.《土地管理法》.《城市房地产管理法》.《国务院城市房地产开发经营管理条例》.《深圳经济特区房地产转让条例》.《最高人民法院关于审理国有土地使用权纠纷案件适用法律的解释》。
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